八国联军入京，朝廷出奔，举国局势一度混乱。黄飞鸿（赵文卓饰）与父亲黄麒英（刘询饰）、十四姨（王静莹饰）、徒弟梁宽（莫少聪饰）、鬼脚七（熊欣欣饰）一行人南下番禹，欲与十三姨（关之琳饰）、猪肉荣（郑则仕饰）、牙擦苏（郭晋安饰）汇合。师徒于路同担心海盗夺粮的南粤米仓发生误会，两帮人不打不相识，黄飞鸿助其将盗米贼扭送衙门，惊觉盗米竟是差役领班谢四（张铁林饰）指使。原来南海海盗趁局势混乱，活动频繁，使番禹一地早无官员统制，差役不得已靠偷盗维持口粮。黄飞鸿有感谢四等人忠义，遂放弃赴港计划，与当地海盗单眼英、张玉麟、张保仔等人展开连场搏杀……本片是徐克执导黄飞鸿系列的第五部。